Tradice současného Pavilonu Anthropos má své kořeny v období první Československé republiky. Tehdy se díky mimořádnému úsilí předního českého badatele prof. Karla Absolona podařilo ve specielním pavilonu "Člověk a jeho rod" na dnešním výstavišti soustředit v rámci výstavy soudobé kultury v roce 1928 nebývalé množství nálezů z nejranějších období lidských dějin. Při vzniku této výstavy nesoucí název Anthropos se setkáváme se jménem prvního prezidenta ČSR prof. T. G. Masaryka a průmyslníka T. Bati. Tato výstava zanikla v důsledku událostí II. světové války. Na tyto tradice navázal v poválečném období antropolog prof. dr. Jan Jelínek, DrSc. (antropolog světového jména, bývalý ředitel Moravského zemského muzea a prezident ICOM). Stavba Pavilonu Anthropos byla dokončena v roce 1962 podle plánů ing. arch. Františka Šteflíčka. V roce 2003 byl objekt uzavřen a došlo k zahájení generální rekonstrukce. V roce 2006 byl Pavilon Anthropos v modernizované a podstatně rozšířené podobě opět otevřen pro veřejnost.